分子真空泵抽气机理与机械泵靠泵腔容积变化进行抽气的机理不同，利用了动量传递原理，使分子定向流动而被排出泵外，从而达到抽气的目的。因其工作稳定可靠，在分子流态下具有很好的抽气效率，已经成为清洁高真空、更高真空应用领域的主流获得设备，在科学仪器、工业生产设备中得到广泛应用，工作原理可分为涡轮分子泵、牵引分子泵和复合分子泵三种，用高速运动的刚体表面携带气体分子，并使其按一定方向运动的现象称为分子牵引现象，利用这一现象制成的真空泵称为牵引分子泵。
分子真空泵常见应用：节能灯生产行业及相关,研究实验(医学核磁共振成像、核粒子物理，核聚变研究，激光应用等)泄漏检测(真空系统、车辆的油箱、更安全气囊）真空冶金(真空炉、真空钎焊、真空烧结、真空合金)镀膜(表面保护、装饰涂料、显示器、屏幕)光学/玻璃(热保护、增透、反射、光学滤光膜)半导体(电子组件、集成电路、柔性太阳能电池等)分析(质谱分析、电子显微镜等),在进行分子泵拆卸时通过控制系统或分子泵控制器上的“停止”键，停止分子泵运转。切断分子泵前级与预抽泵的连接，使整个分子泵与真空系统隔离。观察分子泵的运转频率，当显示为“0”后，关闭电源，并断开主电缆。对于故障分子泵，关闭分子泵进气口处的挡板阀或者插板阀，切断分子泵与真空腔室的连接。
分子泵保养时的动平衡没有做好，这是技术的关键，动平衡差，振动就大，抽气效率就差，也容易造成轴承部分的过度磨损。