由于涡轮分子泵的类型和型号多样，每个泵的运行模式由制造商提供，涡轮分子泵的操作简单，廉价的方法是同时启动涡轮分子泵和前泵，当涡轮分子泵加速到正常速度时，也提前系统，在初始高压强度泵阶段，油蒸汽回流是不可能的。由于系统中的气体处于粘性或层流状态，因此排放气体的密度可以阻止任何碳氢化合物的分子返回到涡轮分子泵。当达到分子流状态时，涡轮分子泵已进入正常运行速度，在泵高压缩比下运行时，可以防止油蒸汽的回流。
涡轮分子泵的前级泵由一个电动开关控制，两个泵可以同时启动和停止。
在一些快速循环系统中，由于时间短，没有足够的时间使涡轮分子泵在每个循环中达到正常运行速度。在这种情况下，涡轮分子泵不能根据工作周期定期打开。此时，涡轮分子泵需要连续运行。前泵粗抽真空室可快速达到涡轮分子泵的启动压力，主阀可快速打开。涡轮分子泵可以在相对较高的压力下工作（节省时间），也可以减少粗抽管的回流。
如果系统需要粗抽管，如果操作不当，可能会出现回流问题。如果系统的粗抽压力过低，粗抽管内会出现分子流态。然后粗泵的油蒸汽可能会返回真空室。当压力小于100~200时μmHg（13.33～26.66Pa）这种回流就会出现。
当真空室粗泵合适时，关闭粗泵阀，粗泵继续运行时，粗泵管中的压力降低，出现分子流状态。碳氢化合物会回流并凝结在粗泵阀盖或阀门密封处。当粗泵阀再次打开时，这些冷凝器可能会离开阀盖或密封件，流回真空室的一侧。这些油蒸汽将在下一个高真空循环中迁移到真空室并受到污染。
为了解决粗泵引起的回流问题，主要是为了避免前管道中的分子流态，防止油蒸汽回流。当前管道达到前压力时，关闭粗泵阀（用充气阀和可控漏孔），然后关闭粗泵泵。因此，然后关闭粗泵泵。因此，在粗泵管道中不可能出现分子流态，以防止回流。
使用涡轮分子泵时，通常不需要粗抽管。例如，在快速循环系统中，可以选择那些耐大气冲击的涡轮分子泵，而不需要粗抽管。真空室可以在大气压下直接抽真空。