分子泵使用时也要注意监测其排气口的压力，避免因前级泵性能下降而使分子泵排气压力过高，造成负荷过大，泵温过高等，分子泵所抽的气体如果含有较多的可凝性气体（如水汽，有机溶剂等），高浓度的氧气、腐蚀性气体，或者粉尘等，需要增配吹扫阀（PurgeValve），工作过程中利用吹扫气（一般为干燥氮气）持续对轴承进行吹扫，以达到隔离污染物，保护轴承的目的，分子泵是高速旋转的机械，轴承故障可能会造成泵叶片打碎直接报废；而当轴承工作状态不良时，会有一系列的现象，如分子泵无法启动，运行噪音外加，温度或功率异常增加等，在排除外界环境和进排气压力过高等外界因素后，应尽快停泵，送到维修主题进行检修。
分子泵维修服务包括对整泵进行拆解和清洗、更换密封和轴承套件、动平衡调试和泄漏检测等，由于工艺环境差异，分子泵的工作寿命差别很大，但是如果分子泵已经工作了很长时间（5年以上），或者出现了噪音、温度、功率异常，及时的对其进行维护保养可以大大延长其使用寿命。
分子泵内有多组相间动轮叶和定轮叶，每一个轮叶上有许多按一定角度斜置的叶片。实际的涡轮分子泵都是由多级叶列串联组成，即按动片、定片、动片等依次交替排列。动叶片转动时又类似于电风扇叶片的作用，能将气体从一侧抽到另一侧。