分子泵使用时尽量避免频繁启停分子泵在匀速工作时，转子叶片仅受到离心力的作用（真空下阻力很小可以忽略不计），即远离轴心的方向的拉力；而在加速和减速的时候，叶片还受到转动切线方向的力，相当于对叶片进行弯折的力。显而易见，对叶片进行弯折对其疲劳寿命的贡献更大，分子泵在加速时功率较大，内部发热比较严重，频繁的启停（两次启动间隔<30分钟）会造成热量累积，使分子泵内部的温度过高，加剧轴承磨损。
分子泵工作时转速很高（数万转/分钟），加减速过程中，不可避免地要经过某些危险的共振频率，长时间在这些共振频率运转，会增加轴承负荷、进而增加分子泵故障的风险。在真空下自然停泵（空挡滑行）时，由于真空下空气阻力很小，分子泵转子要经过几十分钟甚至数小时的时间才能完全停止，其中在共振频率运转的时间也会比较长，分子泵是一种高真空泵，它需要配合合适的并且性能良好的前级泵才可以正常工作；除了在选型时尽量选择推荐的前级泵之外，分子泵使用时也要注意监测其排气口的压力，避免因前级泵性能下降而使分子泵排气压力过高，造成负荷过大，泵温过高等。
分子泵使用过程出现的问题打开泵高真空端法兰盖板，戴好手套，拨动涡轮转子，应转动灵活，无异常现象。安装前应检查分子泵运输中是否被损坏。安装环境应符合技术要求和真空卫生要求。确认已装入润滑油。确认防护网已安装，特殊情况下定做特殊防护网。安装方向：油绳润滑：竖直、水平；油润滑：竖直方向±5°范围内；脂润滑：任意角度。